Hệ thống kho tại cảng Quốc tế Chu Lai có diện tích hơn 200.000 m2, được xây dựng và mở rộng thành các phân khu chuyên biệt như: kho ngoại quan, kho CFS, kho hàng… Các kho được lắp đặt thiết bị phòng cháy chữa cháy, cảm biến an toàn, hệ thống CCTV, đồng thời ứng dụng phần mềm WMS, ERP, tích hợp hiệu quả các phần mềm SAP, Oracle, Bravo giúp doanh nghiệp quản lý hàng hóa toàn diện, cập nhật số lượng xuất - nhập - tồn kho theo thời gian thực một cách liên tục và chính xác.